Schulungsübersicht

Einführung in die Python-Programmiersprache

  • Warum Python?
  • Mit Python mit biologischen Daten arbeiten
  • Arbeiten mit der iPython-Shell
  • Ihr erstes Programm
  • Schreiben von Python-Skripten
  • Module importieren

Arbeiten mit Protein- und RNA/DNA-Sequenzen

  • Finden von Motiven
  • Transkription und Übersetzung in silico
  • Umgang mit Sequenzalignments

Parsen von Daten in verschiedenen biologischen Formaten

  • Parsen von FASTA
  • Konvertierung von Datenformaten

Durchführung biologischer Analysen

  • BLAST
  • Accessing biologischer Webdienste

Umgang mit biologischen 3D-Strukturen mit Python

Python erleichtert die statistische Analyse

Daten visualisieren

  • Erstellen von Balken- und Streudiagrammen
  • Berechnen einer Fläche unter der Kurve (AUC)

Arbeiten mit .xls und .csv Dateien

  • Importieren von Daten aus und Exportieren in MS Excel / OpenOffice Calc
  • Schreiben von .xls- und .csv-Dateien

Verwendung von Python zur Erstellung einer automatischen Datenverarbeitungspipeline

Voraussetzungen

Grundkenntnisse in Biologie wie Kenntnis von Protein, RNA und DNA-Sequenzen.

 28 Stunden

Teilnehmerzahl


Price per participant (excl. VAT)

Erfahrungsberichte (1)

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