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Schulungsübersicht
Einführung in die Python-Programmiersprache
- Warum Python?
- Mit Python mit biologischen Daten arbeiten
- Arbeiten mit der iPython-Shell
- Ihr erstes Programm
- Schreiben von Python-Skripten
- Module importieren
Arbeiten mit Protein- und RNA/DNA-Sequenzen
- Finden von Motiven
- Transkription und Übersetzung in silico
- Umgang mit Sequenzalignments
Parsen von Daten in verschiedenen biologischen Formaten
- Parsen von FASTA
- Konvertierung von Datenformaten
Durchführung biologischer Analysen
- BLAST
- Accessing biologischer Webdienste
Umgang mit biologischen 3D-Strukturen mit Python
Python erleichtert die statistische Analyse
Daten visualisieren
- Erstellen von Balken- und Streudiagrammen
- Berechnen einer Fläche unter der Kurve (AUC)
Arbeiten mit .xls und .csv Dateien
- Importieren von Daten aus und Exportieren in MS Excel / OpenOffice Calc
- Schreiben von .xls- und .csv-Dateien
Verwendung von Python zur Erstellung einer automatischen Datenverarbeitungspipeline
Voraussetzungen
Grundkenntnisse in Biologie wie Kenntnis von Protein, RNA und DNA-Sequenzen.
28 Stunden
Erfahrungsberichte (1)
Die Zugänglichkeit des Trainers und die Fähigkeit, sehr effektiv zu kommunizieren,
Ciprian Ilie - Institutul National de Sanatate Publica
Kurs - Programming for Biologists
Maschinelle Übersetzung